A külügyminisztérium [[július 10.|július 10]]-én bejelentette, hogy Morszi egy közelebbről meg nem jelölt, biztos helyen van, amit nem hagyhat el, részben saját biztonsága érdekében. A bejelentés szerint vádemelés nem történt ellene, és a legnagyobb tiszteletadással bánnak vele.<ref>[{{Cite web |url=http://www.ahram.org.eg/NewsQ/220336.aspx |title=Az al-Ahrám híradása a bejelentésről] |accessdate=2013-07-11 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20160919023129/http://www.ahram.org.eg/NewsQ/220336.aspx |archivedate=2016-09-19 }}</ref> Szeptember 1-jén mégis per kezdődött ellene,<ref>[http://www.origo.hu/nagyvilag/20130901-vadat-emeltek-murszi-ellen.html Vádat emeltek Murszi ellen] – Origo, 2013. szeptember 1.</ref> 2013 decemberében egy másik,<ref>[http://www.origo.hu/nagyvilag/20131218--kemkedes-es-terrorista-osszeeskuves-a-vad-murszi-ellen.html Kémkedés és terrorista összeesküvés a vád Murszi ellen] – Origo, 2013. december 18.</ref> 2014 januárjában pedig egy harmadik.<ref>[http://hu.euronews.com/2014/01/28/murszi-ismet-a-birosag-elott-egyiptomban/ Murszi ismét a bíróság előtt Egyiptomban] – Euronews, 2014. január 14.</ref> Az első perben 2015 áprilisában hivatali hatalommal való visszaélés, valamint békés tüntetők megkínzása miatt húsz év szigorított börtönbüntetésre ítélték,<ref>[http://www.origo.hu/nagyvilag/20150421-20-evet-kapott-mohamed-murszi-iszlamista-exelnok.html 20 évet kapott Mohamed Murszi iszlamista exelnök] – Origo, 2015. április 21.</ref> a másodikban [[kémkedés]] és külföldi csoportokkal való terrorista összeesküvés miatt 2015 júniusában életfogytiglani börtönbüntetésre,<ref>[http://www.blikk.hu/sztarvilag/kultura/murszit-kemkedes-miatt-eletfogytiglani-szabadsagvesztesre-iteltek/qnvx108 Murszit kémkedés miatt életfogytiglani szabadságvesztésre ítélték] – Blikk, 2015. június 16.</ref> a harmadikban pedig 2015 májusában börtönkitörés miatt [[halálbüntetés|halálra]].<ref>[http://mno.hu/kulfold/halalra-iteltek-mohamed-murszit-1286557 Halálra ítélték Mohamed Murszit] – Magyar Nemzet, 2015. május 16.</ref> Morszi minden perben elutasította a bíróságok joghatóságát.
