„Farkas utcai református templom” változatai közötti eltérés

Ezt követően a templom huszonöt évig gazdátlanul állt, és „pusztatemplom” néven ismerték. 1581-ben [[Báthory István]] a [[jezsuiták]]nak adományozta az épületegyüttest, egyúttal építőanyagot is biztosított a felújításhoz. A helyreállítás terveit előbb a király olasz építésze, Francesco Tenchetta, majd a jezsuita Fra Massimo Milanesi készítette. Ekkor alakították át iskolává az apácakolostort. [[1588]]-ban a medgyesi országgyűlés kitiltotta a jezsuitákat Erdélyből, de [[Báthory Zsigmond]] visszahívta őket, és [[1595]]-ben újra birtokba vették a templomot. A [[tizenöt éves háború]] idején, [[Székely Mózes]] csapatai elűzték a jezsuitákat és a [[Toroczkai Máté|Toroczkai Kovács Máté]] unitárius szuperintendens és Gö­czi Nyírő Pál prédikátor által felbuzdított nép, Bogner-Gellyén Imre királybíró elnézésévelbe nem avatkozása mellett 1603. június 9-én megrohamozta a templomot. A templom ajtaját betörték, az oltárt és a szobrokat fejszével szétvágták, a padokat darabokra törték és bedöntötték a boltozat egy részét is, amely tizennégy embert ütött agyon. A továbbiakban a gazdátlan épület köveit felhasználták a város egyéb építményeinek javításához, a szentélyt raktárként használták. A jezsuita rend kára több mint 22&nbsp;000 forint volt, ami akkori árakon mintegy 137&nbsp;500 liter búzának felelt meg.<ref>Kelemen 1982: 46; Herepei 2002: 47; Kovács 2007: 52–54; Asztalos 2008: 89; Vincze 2008: 71; Sas 2009.</ref>

A reformátusok 1622-ben [[Bethlen Gábor]]tól kapták meg a romos templomot és a telkeket kollégium céljára, de végül is a kollégium [[Gyulafehérvár]]ra került. A templom újjáépítése csak [[I. Rákóczi György]] alatt, az 1638-as gyulafehérvári országgyűlés határozatára és a fejedelem anyagi támogatásával kezdődött el. A tervező kiléte bizonytalan, Herepei János feltételezése szerint valószínűleg Sárdi Imre deák lehetett. Rákóczi a legapróbb részletekig maga irányította az építkezést, a gyakorlati végrehajtást Filstich Lőrinc kolozsvári polgárra bízva. Filstich 1643–1645 körül bekövetkezett halála után munkáját Szakállosi János vette át. Az újjáépítés során új tető és boltozat készült, a támpillérek többségét kicserélték, az oromzatra órát tettek. Az építkezés nagyobb része 1640-ig elkészült, majd a fejedelem olasz építészt és – hosszas utánajárással – [[kurzeme|kurlandi]] mesterembereket hozatott, akik 1643 végére befejezték a [[csillagboltozat]]ot. Ekkor készült el a szentély déli oldalán levő torony, amelyet azonban később a rossz alapozás miatt le kellett bontani. Végül is torony helyett a templom melletti telken állítottak fel egy masszív haranglábat. Az 1640-es években elkészült a templom berendezése is. Az újjászületett templomot [[Geleji Katona István]] püspök szentelte fel 1647. június 30-án. A toronyalj boltozatos kisterme a 17–18. században valószínűleg a református nyomdának adott helyet, az emeleten egy ideig a kollégium könyvtára lakozottkapott helyet.<ref>Kelemen 1982: 46–49; Biró 1989: 39; Gaal 1992: 74; Herepei 2002: 65–75, 224; Lupescu 2005; Kovács 2007: 54–56; Vincze 2008: 73–74.</ref>