Félreértésre adhat okot, hogy az ismeretterjesztő írásokban vagy a szakirodalomban gyakran farmakológiai hatás helyett fiziológiás hatás esetleg toxikus hatás kerül említésre, ami magyarázatra szorul.
Azok, a szervezetben előforduló endogén anyagok, amelyek a szervezet fiziológiás állapotát a normális élettani határok között befolyásolni képesek (hormonok[[hormon]]ok, modulátorok, biogén aminok, szöveti hormonok, stb.), azok fiziológiás hatást gyakorolnak a szervezetre. Azok a molekulák, amelyek nem a szervezetből származó endogén anyagok hanem úgynevezett testidegen ''xenobiotikumok'' és képesek a szervezet normális fiziológiai állapotát megzavarni, azok farmakológiai hatás gyakorolnak a szervezetre vagy mérgezés esetén toxikus hatás váltanak ki. Mivel az alkaloidok testidegen xenobiotikumok, ezért helyes megfogalmazásban farmakológiai vagy toxikus hatást gyakorolnak a szervezetre. Habár ezek az anyagok a normális élettani működés megzavarására képesek, ez nem feltétlenül jelenti azt, hogy egyértelműen veszélyes és haszontalan molekulák lennének a tudományorvostudomány kezében.
Ezek a hatások sok esetben terápiás célra is felhasználhatók, ezért az alkaloid tartalmú növények a gyógyszeripar fontos alapanyagát képezik. Ahhoz, hogy egy alkaloid gyógyszerként[[gyógyszer]]ként alkalmazható legyen, három tulajdonsággal kell rendelkeznie.
:* Az egyik legfontosabb követelmény a megfelelő [[terápiás hatásszéleség]]. Ez azt jelenti, hogy a terápiás hatást kiváltó dózisban lehetőleg ne jelentkezzenek toxikus tünetek. A terápiás dózist emelve minnél később jelentkeznek a nem kívánt hatások, annál biztonságosabb a gyógyszer. A [[morfin]] például a jól használható [[fájdalomcsillapító]] hatás mellett nagyobb dózisban a légzöközpontotlégzőközpontot is bénítja. Ha ez a másodlagos hatás a fájdalomcsillapításra használt dózis sávjában jelentkezne, akkor a morfint nem lehetne használni klinikai célra. Az olyan molekulák amelyeknek a terápiás dózisa hamar "átcsap" toxikusra, túl nagy kockázatot jelent az orvosi alkalmazásban. Sajnos az ilyen alkaloidokból van több.
:* A farmakológiai hatás lehetőleg egységes legyen vagy más megközelítésben csak egy hatás legyen domináló. A legtöbb alkaloid több jellegzetes farmakológiai hatással is rendelkezik.
