A kommunista eszmék latin-amerikai előretörése fejfájást okozott az elnöknek, amelynek békés úton való rendezésére és visszaszorítására azt az utat látta járhatónak, ha támogatja ezt a térséget és segíteni próbál az életkörülmények, az iskolázottság és más hangulati tényező javításával. Az ideológiai veszélyről azt mondta: ''„aki„Aki a békés forradalmat lehetővé teszi, az az erőszakos forradalmat teszi elkerülhetetlenné”'',<ref>{{cite web|url=https://www.brainyquote.com/quotes/john_f_kennedy_101159|title=Those who make peaceful revolution impossible will make violent revolution inevitable|author=John F. Kennedy|language=angol|publisher=Brainy Quote|accessdate=2021-08-17}}</ref> azaz a forradalmi gondolatokat már megszületni sem szabad hagyni. A problémára válaszul az [[Alliance for Progress]] (Szövetség az előrehaladásértElőrehaladásért) nevű szervezet felállítását indítványozta, amelyben az USA dollármilliárdos támogatást nyújtott a latin-amerikai országok számára gazdasági támogatás formájában, amelyért cserébe emberi jogi könnyítéseket várt el az adott országok vezetésétől.<ref>{{cite book|last=Schlesinger|first=Arthur M.|title= A Thousand Days: John F. Kennedy in the White House|origyear=2002|pages=788-789|publisher=Boston: Houghton Mifflin|isbn=978-0-618-21927-8}}</ref> A munkában leginkább [[Luis Muñoz Marín]], Puerto Ricó-i kormányzó segítette, akivel a legfőbb latin amerikai tanácsadója lett és együtt dolgoztak [[Puerto Rico]] [[Területi autonómia|autonómiáján]].
A segítségnyújtás mellett egy másik út is állt Kennedy előtt a kommunizmus visszaszorítására. Még az Eisenhower-adminisztráció idején dolgoztak ki terveket [[Fidel Castro]] kubai és [[Rafael Trujillo Molina|Rafael Trujillo]] [[Dominikai Köztársaság|dominikai köztársaságbeli]], már hatalomra jutott kommunista vezető meggyilkolására.<ref>{{cite book|last=Reeves|first=Richard|title= President Kennedy: Profile of Power|origyear=1993|publisher=New York: Simon & Schuster|pages=140-142|isbn= 978-0-671-64879-4|url=https://archive.org/details/presidentkennedy00reev_0}}</ref> Amikor Kennedy hivatalba lépett, tudomást szerezvén a tervekről arra instruálta a CIA-t, hogy bármilyen tervet is készítsenek, annak részének kell lennie egy hihető cáfolatnak is, amellyel elhárítják az amerikai vezetésről a gyilkosság vádját. Castro uralmát végül sohasem sikerült megdönteni. Trujillót ezzel ellentétben lázadók megölték 1961 júniusában.<ref>{{cite book|last=Reeves|first=Richard|title= President Kennedy: Profile of Power|origyear=1993|publisher=New York: Simon & Schuster|pages=152|isbn= 978-0-671-64879-4|url=https://archive.org/details/presidentkennedy00reev_0}}</ref>
